Doğal Hayatı Koruma Vakfı (WWF-Türkiye) Kanal İstanbul Projesinin ormanlar, korunan bölgeler ve tarım alanları dâhil olmak üzere bölgenin doğal alanlarında çok ciddi bir tahribat yaratacağını vurguladı. "Boyutları itibariyle Boğaz’da olduğu gibi Kanal içerisinde iki yönlü bir akıntı sistemi geliştirilemeyecek ve Karadeniz’in kirli suları Marmara’ya dolacaktır" denilen açıklamada, "Türkiye kendi eliyle yaptığı ikinci bir boğaz ile bu kirliliği kendi evinin içerisine, yani Marmara’ya taşınmış olacaktır. Bu durum Marmara’nın ölü bir denize dönüşmesi ile sonuçlanabilecektir" ifadeleri yer aldı.
Evrensel’de yer alan habere göre; WWF-Türkiye, Kanal İstanbul Projesine dair yayımladığı açıklamasında akademisyenlerinin katkıları ile hazırlanan ve 2018 yılında güncellenen "Ya Kanal Ya İstanbul: Kanal İstanbul Projesinin Ekolojik, Sosyal ve Ekonomik Değerlendirmesi” başlıklı raporun hala güncelliğini koruduğuna vurgu yapıldı ve şu ifadeler yer aldı:
"Raporun amacı, konuyla ilgilenen taraflara, öngörülmesi gereken riskler hakkında bilgi vermek ve kamuoyunda şeffaf bir tartışma zemini yaratmaktır. Bu kapsamda söz konusu raporumuzun gündeme getirdiği doğa koruma açısından en önemli noktaları kamuoyuna tekrar hatırlatmak istiyoruz.
Kanal İstanbul Projesi, yalnız devasa bir yatırım değil aynı zamanda yüzyıllara dayanan geçmişinde bugüne kadar İstanbul doğasının karşı karşıya kaldığı en büyük mühendislik operasyonu olacaktır. Bu noktada öncelikle, Karadeniz, Boğazlar, Marmara ve Kuzey Ege gibi geniş bir coğrafyada çok boyutlu etkileri muhtemel böyle bir projenin ‘ne pahasına’ hayata geçeceği sorusunu sormak gerekmektedir.
Kanal İstanbul Projesini doğru değerlendirebilmek için Türk Boğazlar sisteminin nasıl işlediğini bilmek ve İstanbul denizlerinin kendine has dinamiklerini doğru anlamak gerekir.
Küresel boyutlara sahip bu sistem hassas dengelerde çalışır. Bundan 12 bin yıl önce bir tatlı su gölü olan Karadeniz, zamanla suların yükselmesi sonucu taşarak Boğaz üzerinden Marmara’ya akmaya başlamıştır. İstanbul Boğazı’nın Karadeniz çıkışı Marmara çıkışından 30 cm daha yüksektir ve her gün yaklaşık 600 milyon metreküp su üst akıntılarla Marmara’ya doğu akarken, ters yönde ilerleyen alt akıntılar bunu dengelemektedir. Uzmanların dev bir havuza benzettiği Karadeniz’in tuzluluk oranı düşüktür. Tuna, Dinyeper ve Dinyester nehirleri bu havuzu tatlı suyla dolduran, İstanbul Boğazı ise boşaltan musluklardır. Akdeniz, yazın sıcağı ve kışın rüzgarları ile sürekli su kaybederken Karadeniz'in fazla suyu boğazlardan geçerek bu eksikliği tamamlar. Karadeniz'i besleyen kaynakların tatlı su olmasına karşın suyundaki tuzluluk, boğazların altından ilerleyen ters yöndeki akıntılardan kaynaklanmaktadır. Böyle bir durumda İstanbul Boğazı’na paralel 25 metre derinliğinde yeni bir kanal açmak, havuza giren suyu arttırmadan ikinci bir musluk açmak anlamına gelecektir.
Uzmanlara göre, boyutları itibariyle Boğaz’da olduğu gibi Kanal içerisinde iki yönlü bir akıntı sistemi geliştirilemeyecek ve Karadeniz’in kirli suları Marmara’ya dolacaktır. Marmara Denizi’nde bol besinli üst tabaka can çekişen alt tabakaya baskı yapacak ve oksijen hızla azalacaktır. Oksijen bitince, Kanal kapatılsa bile, bir daha geri dönüş olmayacaktır. Oksijensizlik kimyasal dengeleri alt üst ederek, alt tabakadaki hidrojen sülfür yoğunluğunu hızla arttıracak ve sonuç olarak İstanbul lodos estiğinde dayanılmaz bir şekilde çürük yumurta kokusuna maruz kalacaktır. Zamanla Karadeniz’in de ekolojik yapısı bozulacaktır. Tuna Nehri’nin Karadeniz’i kirlettiğinden şikâyetçi olan Türkiye kendi eliyle yaptığı ikinci bir boğaz ile bu kirliliği kendi evinin içerisine, yani Marmara’ya taşınmış olacaktır. Bu durum Marmara’nın ölü bir denize dönüşmesi ile sonuçlanabilecektir."
Açıklamada raporda dile getirilen soru ve sorunların bilimsel düzeyde ve kamuoyunda geniş bir katılımla tartışılması ve yeniden değerlendirilmesi gerektiği çağrısı yapıldı.
